La mort de Hideyoshi en 1598 relance la lutte pour le pouvoir. Le seigneur Matsudaira change de nom et devient Tokugawa Ieyasu. Rassemblant les seigneurs du Kanto (région actuelle de Tôkyô) il défait en 1600 à Sekigahara les troupes des grands seigneurs de l'ouest. Nommé shôgun en 1603, il fixe sa capitale à Edo (future Tôkyô). En 1614-1615 il met le siège devant le château d'Osaka et impose dévinitivement son pouvoir sur les fidèles du fils de Hideyoshi.

Durant plus de 250 ans (jusqu'en 1868) les shôgun Tokugawa vont dominer le Japon et instaurer la paix civile. La société est figée par des lois qui régissent la vie, la nourriture, les vêtements de chaque classe. La population est répartie en quatres catégories : samurai, paysants, artisants et marchands. Le Japon se referme sur lui-même (1635). Tout contact avec l'étranger est interdit (et puni de mort) sauf avec les chinois et les néerlandais dans le port de Nagasaki (île de Deshima).

De nombreuses écoles (près de 200) de ken jutsu se créent un peu partout et formalise les techniques du sabre en l'absence de combat réels. Le sabre de bois (bokken) est utilisé pour étudier des formes figées de combat (kata).

Vers la moitié du XVIIIe siècle, c'est dans l'idée de pouvoir pratiquer les combats sans risquer des blessures graves voire la mort causés par l'utilisation de shinken (véritables sabres) ou bokken (ou bokutô, sabres en bois) qu'apparaissent les shinai puis des protections des poignés (kote) et les plastrons (dô).

Le blocus de Edo par l'escadre de l'amiral Perry en 1853 confronte brutalement le Japon aux pays européens et à des sociétés industrielles modernes qui le pressent d'ouvrir ses ports au commerce et de cesser de mettre à mort les matelots naufragés.

La démission du dernier shôgun Tokugawa en 1868 met fin à une période troublée qui aurait pu dégénérer en guerre civile. Témoins du dépeçage de la Chine par les anglais, français, allemands et russes, les japonais font le choix de s'ouvrir aux techniques occidentales pour lutter à armes égales.

L'ère Meiji (1868-1912) est celle de la restauration du rôle politique de l'Empereur et d'une occidentalisation accélérée. La marine de guerre est construite sur le modèle de la Grande-Bretagne, l'armée de terre est instruite sur celui de la Prusse. Les techniques industrielles viennent de Grande-Bretagne, des USA, de Prusse ou de France ...

Le changement brutal de société ne se fait pas sans heurt. La suppression des fiefs en 1871 transformés en préfectures, la conscription en 1873 et la création d'une véritable armée nationale de métier sont à l'origine de troubles paysants et de la révolte des samurais de Satsuma en 1877, tous écrasés par la nouvelle armée japonaise.

Le port des deux sabres (signe distinctif des samurai) est interdits. Les samurai deviennent des fonctionnaires, militaires ou des hommes d'affaires.

Les Dôjô de kenjutsu périclitent.

Cependant, suite à des troubles matés avec l'aide de pratiquants d'arts martiaux, une section de kenjutsu se crée dans la police métropolitaine de Tôkyô en 1879, pour enseigner aux policiers.

Le retour aux valeurs martiales accompagne la politique d'expansion du Japon   : invasion de formose en 1895, guerre contre la Russie en 1904-1905 puis, invasion de la Corée en 1910). Les arts martiaux entrent dans les enseignements obligatoires au collège en 1911.

Dans le but d'établir un Kata qui aurait une portée universelle et servirait de base à l'enseignement général du Kendô tant en théorie qu'en pratique, il fut créé en 1911 un comité composé des 25 meilleurs experts de Kendô.

Après plusieurs mois d'études et de discussions approfondies par ce comité, il fut publié en 1912 le Nihon Kendô Gata tel qu'il est pratiqué actuellement (ou au moins à peu près car il a depuis été modifié partiellement à plusieurs reprises).

La dérive nationaliste durant les années 30-40, conduisit l'interdiction des arts martiaux durant l'occupation américaine. En 1952, se crée la Fédération Japonaise de Kendo (Z.N.K.R).

En 1962, les enseignements du Kendô sont de retour dans les collèges et lycées.

En 1964,  le Budokan grand centre d'arts martiaux est construit à l'occasion des JO de Tôkyô.

En 1967, se tient le premier tournoi international à Tôkyô.

En 1970, a lieu le premier championnat du monde de Kendô à Tôkyô et Osaka. Création de la Fédération Internationale de Kendô (I.K.F).